為鼓勵學生追求卓越，本校特設各項奬學金及奬項，當中包括：汪彼得牧師紀念獎學金、黃曉梅慈善基金獎學金、校友會獎學金、中華基督教會基元中學獎學金，基元傑出學生，品學兼優學生、傑出中文小作家、傑出英文小作家、傑出IT人、音樂成就奬、視覺藝術成就獎、最佳運動員獎、品學兼優奬及成績優異奬，以肯定同學在不同領域及範疇的優異表現和追求卓越而付出的努力。